التنفس الداخلي أو التنفس الخلوي هي مجموعة من التفاعلات الأيضية (الأيض) تحدث بالخلايا الحية لتحويل الطاقة الكيميائية الحيوية (التي تستمد من الغذاء والهواء) إلى أدينوسين ثلاثي الفوسفات (ATP)، كما يتم فيها إخراج بعد الفضلات من الخلايا، يتضمن التنفس الداخلي نوع من التفاعلات يسمى "التفاعلات التقويضية" (و هي تفاعلات تستعمل الطاقة لتبسيط جزئيئات معينة) حيث تستعمل الطاقة لتبسيط جزيء الأكسجين (O2).
تحدث عملية التنفس الداخلي لـ الخلايا الحيوانية والخلايا النباتية أيضاً، خلال هذه العملية تستعمل المواد الغذائية لإنتاج مركبات هامة منها الجلوكوز والأحماض الأمينية والدهون بالإضافة إلى مادة متقبل الأكسجين (المادة التي تؤكسد أو تختزل في تفاعلات الأكسدة والاختزال)، الجدير بالذكر أن هناك بعض الكائنات الحية ذاتية التغذية مثل البكتريا تتمكن من إنتاج هذه المركبات من خلال وسائل أخرى حيث تستمل المركبات اللاعضوية كمتقبل للأكسجين، ومن ضمن هذه المركبات اللاعضوية الكبريت والميثان والأيونات الناتجة من المعادن، توجد العديد من الكائنات الحية تحتاج للأكسجين في عملية التنفس الذاتي تسمى "الهوائيات"، بينما بعضها لا يعتمد عليه وتسمى "اللاهوائيات"، وبهذا يقسم التنفس الداخلي إلى التنفس الهوائي والتنفس اللاهوائي.
تستعمل الطاقة الناتجة عن التنفس الداخلي لإنتاج أدينوسين ثلاثي الفوسفات وهي صورة الطاقة التي يستطيع الجسم استعمالها، الطاقة الكامنة في مركب أدينوسين ثلاثي الفوسفات تستعمل لعدة وظائف منها التخليق البيولوجي (عملية إنتاج المواد الكيميائية)و حركة وتنقل الجزيئات عبر غشاء الخلية، نظراً لوجود أدينوسين ثلاثي الفوسفات الدائم في جسم الإنسان يطلق عليه أيضاً اسم "الطاقة الشاملة الدائمة ".